Medyczne bazy danych (cz.2)

Paweł Kawalec

W pierwszej części opracowania przedstawiono megabazę danych medycznych OVID. Warte opisania są jednak również inne bazy, które na pewno okażą się przydatne dla lekarzy poszukujących najnowszych doniesień medycznych.


PubMed

Najpopularniejsza wyszukiwarka abstraktów medycznych to PubMed, administrowana przez National Library of Medicine (NLM) – National Center for Biotechnology Information (NCBI). Abstrakty prezentowane w PubMed są dostarczane przez czasopisma medyczne tuż przed opublikowaniem lub w momencie publikacji. W bazie PubMed znajdują się abstrakty, które pochodzą z internetowych baz danych: Medline oraz HealthStar oraz bezpośrednio ze stron internetowych wydawców. PubMed zawiera m.in. dostęp do artykułów, które są dopiero przygotowywane do umieszczenia w bazie Medline (PubMed in process), lub zostały nadesłane droga elektroniczną przez wydawców (PubMed as supplied by publisher). Baza ta zawiera adresy stron internetowych, na których znajdują się pełne teksty poszczególnych artykułów ( wraz z wynikami wyszukiwania dostępne są w takich przypadkach linki do poszczególnych artykułów w witrynach wydawców lub do witryn internetowych firm specjalizujących się w dostarczaniu pełnych tekstów). W celu uzyskania dostępu do pełnego tekstu artykułu może być wymagana autoryzacja, co wiąże się z koniecznością poniesienia kosztów prenumeraty lub pojedynczej opłaty.

PubMed można więc krótko określić jako rodzaj Medline, zawierający połączenia (linki) ze stronami internetowymi, na których można zamówić pełny tekst interesującego nas artykułu.

Wyszukiwanie w PubMed

Po otwarciu strony internetowej PubMed (www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/) ukazuje się okno umożliwiające wpisanie szukanych słów lub fraz oraz pasek narzędzi z następującymi odnośnikami:

- Limits – dzięki tej funkcji możemy ograniczyć zakres wyszukiwania pod względem: płci badanych pacjentów, ich wieku, rodzaju publikacji, daty, języka publikacji, rodzaju badań na ludziach i zwierzętach. Jeżeli funkcji Limits nie użyjemy, program będzie wyszukiwał dane zawierające podane hasło we wszystkich swoich zasobach; im bardziej zawęzimy pojęcie (lub pojęcia), które nas interesują, tym mniej rekordów otrzymamy, wybór będzie się jednak cechował wyższą selektywnością.

Najczęściej używanymi ogranicznikami funkcji Limits są:
- Human – zaznaczenie tej opcji zawęża obszar poszukiwań tylko do tych artykułów, które odnoszą się do ludzi (nie dotyczą prób czy doświadczeń na zwierzętach).
- English Language – ogranicznik ten zawęża obszar poszukiwań tylko do tych artykułów, które zostały napisane w języku angielskim. Prace opublikowane w innych językach zostaną więc wyeliminowane.
- Review Articles – zawęża obszar poszukiwań jedynie do artykułów przeglądowych i to niezależnie od tego, czy dotyczą przeglądu literatury na dany temat, przeglądu opisanych prac, itd.
- Abstracts – pozwoli nam znaleźć tylko te prace i artykuły, które posiadają w bazie Medline swoje abstrakty, a więc streszczenia pracy.
- Years – dzięki tej funkcji możemy zaznaczyć przedział czasu, z którego pochodzą interesujące nas artykuły.
- Preview/Index – to funkcja pozwalającą na tworzenie strategii wyszukiwania. Po wpisaniu hasła i przyciśnięciu przycisku ENTER otrzymujemy liczbę wyszukanych doniesień na dany temat, bez rozwijania ich listy. Aby wyświetlić zawartość tej listy, należy dwukrotnie kliknąć liczbę odnalezionych publikacji.
- History – PubMed ma możliwość zapamiętania strategii wyszukiwania oraz rezultatów wyszukiwania przy użyciu danej strategii.
- Clipboard – daje możliwość gromadzenia w pamięci komputera wybranych publikacji zarówno z jednego wyszukiwania, jak i łączenie rezultatów z wielu wyszukiwań. Aby wykorzystać tę funkcję, należy kliknąć funkcję "Add to clipboard", a następnie przenieść wybrany fragment tekstu do edytora tekstowego (MS Word) naszego komputera.
- Order documents – pozwala na zamówienie pełnych tekstów wybranych publikacji za pośrednictwem PubMed.
- Save – umożliwia zachowanie wszystkich wyświetlonych publikacji bądź tylko tych, które zostały wybrane. Maksymalnie zapamiętuje około pięciu tysięcy publikacji.
Printing – drukowanie aktualnie wyświetlanej strony.
Text – dzięki tej funkcji można wyświetlać bądź drukować wyszukane publikacje jako tekst bez dodatkowych znaków występujących na stronach internetowych.
- Related articles – funkcja wyszukująca publikacje o zbliżonej tematyce i wyświetlająca je w kolejności od najbardziej do najmniej adekwatnej.



Wyszukiwanie w bazie PubMed jest skonstruowane w taki sposób, aby również początkujący użytkownik był w stanie szybko znaleźć interesujące go informacje. Wystarczy wprowadzić do okienka wyszukiwarki słowa-hasła wiążące się z poszukiwanym tematem i kliknąć przycisk "Go" lub wcisnąć klawisz "Enter" klawiatury komputera. Do wyszukiwania można używać jednocześnie kilku terminów, które należy połączyć za pomocą operatorów logicznych (AND, OR, NOT). Wówczas PubMed automatycznie sformułuje właściwe zapytanie, przeprowadzając proces automatycznego poszukiwania odpowiedników (Automatic Term Mapping) i przeszuka pod ich kątem wszystkie dane zgromadzone w bazie.

Najpierw poszukiwane są terminy odpowiadające naszemu zapytaniu – słowa kluczowe, zwane Medical Subject Headings (MeSH), którymi opatrywane są artykuły w chwili przygotowywania ich do umieszczenia w Medline. Tworzą one cały system słownictwa, ułatwiający jednolite indeksowanie i poprawne odszukiwanie pozycji piśmiennictwa, czyli rodzaj słownika wyrazów bliskoznacznych. Na przykład, jeśli szukamy terminu "Wilm's tumor", PubMed zorientuje się dzięki tzw. tabeli odpowiedników MeSH (MeSH Translation Table), że chodzi nam o nerczaka płodowego i zrealizuje przeszukiwanie również dla pojęcia nephroblasoma. MeSH zawiera około 19 000 terminów, corocznie uaktualnianych, dzięki czemu uwzględnia nowości w medycynie, jak i terminologii medycznej. MeSH są ułożone hierarchicznie w kategorie tematyczne.

Liczba tytułów abstraktów, które mają się pojawić na jednej stronie, zależy od preferencji użytkownika. Może ich być: 25, 50 100, 200, 400. Zaznaczamy również w danym formularzu okres, z którego doniesienia nas interesują (np. 1995-2000), często możemy wybrać również konkretny typ publikacji, zawężając jeszcze bardziej wyniki naszych poszukiwań.

Medline może zostać przeszukany również pod względem rodzaju rekordów: Clinical trail (badanie kliniczne), Comment (komentarz do wcześniej publikowanych wyników badań), Guideline (wytyczne), Historical Biography (bibliografia historyczna), Interview (wywiad), Letter (list autorski), Meeting report (raport z konferencji, spotkania); Multicenter study (badanie wieloośrodkowe), Randomised controlled trail (randomizowane badanie kliniczne), Review (przegląd systematyczny).

W przypadku wykorzystania separatorów logicznych możliwe jest użycie nawiasów w celu ustalenia pierwszeństwa wykonywania poszczególnych procedur poszukiwawczych. Po wpisaniu: (hormones NOT insulin) OR (hypoglicemia AND hyperglicemia) znajdziemy wszystkie prace, które zawierają jednocześnie hasła: hormony prócz insuliny lub takie, które w swoim tekście zawierają zarówno słowa hipoglikemia, jak i hiperglikemia.

Jeżeli wyniki poszukiwań są satysfakcjonujące, to można je zarejestrować na kilka sposobów:

- PRINT – wydrukowanie całej zawartości aktualnie oglądanej strony www.
- SAVE – zachowanie aktualnej strony internetowej jako dokumentu tekstowego.
- Znaleziony dokument możemy również przenieść do dokumentu MS WORD, gdzie możemy zgromadzić dane bibliograficzne na temat interesujących nas artykułów, opierając się na abstraktach dostępnych w bazie Medline. W ten sposób, używając opcji COPY (kopiuj), po podświetleniu tekstu, następnie EDIT (edycja) paska Menu przeglądarki, a następnie po wklejeniu – dzięki poleceniu PASTE (wklej) na otwartej czystej stronie dowolnego edytora tekstowego (np. MS Word) – otrzymujemy dokument tekstowy, który możemy zachować na dysku lokalnym lub dyskietce.
- E-MAIL – pozwala na wysłanie rezultatów przeszukiwania pocztą elektroniczną na zadane konto pocztowe.
- DISPLAY – wyświetla rezultat przeszukiwania jako jeden długi dokument.


Wyszukiwanie abstraktów

Aby znaleźć w PubMed artykuły konkretnego autora, należy wprowadzić jego dane w odpowiednim formacie. Najpierw wpisujemy nazwisko, a po spacji pierwszą lub dwie pierwsze litery imienia (bez kropek), np. jones k oraz symbol [au]. PubMed automatycznie rozpocznie przeszukiwanie bazy tylko w polach Author Name. Jeśli do szukania użyjemy samego nazwiska (bez symbolu [au]), PubMed będzie szukał go we wszystkich polach bazy.

W celu odszukania pozycji piśmiennictwa opublikowanej w konkretnym czasopiśmie wystarczy wprowadzić do okienka wyszukiwarki jej pełną nazwę, skrót nazwy lub numer ISSN (międzynarodowy kod) wraz z załącznikiem [ta].

Niekiedy PubMed może zakwalifikować nazwę czasopisma (zwłaszcza jednowyrazową, np. Cell) jako np. termin Mesh. Bezpieczniej wówczas wymusić wyszukiwanie tylko w polu Journal Title, dodając po tytule znacznik [ta].

Jeśli wprowadzona przez nas grupa wyrazów nie zostanie zidentyfikowana przez PubMed jako fraza, możemy wymusić jej wyszukiwanie jako jednej całości poprzez zamknięcie ich pomiędzy apostrofami (' ').

Gdy interesują nas publikacje tylko z określonego czasu, wyszukiwanie powinniśmy ograniczyć przez wprowadzenie przedziału dat: powinny one być wprowadzone do wyszukiwarki w formacie RRRR/MM/DD, np. 1999/01/02 lub 2000/09/15. Możliwe jest też zastosowanie formatu YYYY/MM, np. 1999/03 lub YYYY, np. 2000. Aby znaleźć artykuły publikowane w podanym okresie, należy pomiędzy dwie daty wprowadzić dwukropek, np. 1990:2001 lub 1998/03:2000/12/31.

Po wprowadzeniu żądanego hasła oraz ograniczników ukazuje się nam pierwsza część listy odnalezionych rekordów dotyczących szukanych przez nas wyrażeń. Teraz można przeczytać tytuły, zaznaczyć interesujące nas publikacje i wywołać ich streszczenia poprzez podwójne kliknięcie podświetlonych tytułów.

Cookies (ciasteczka) są informacjami wysyłanymi przez serwery (np. PubMed) do komputerów internautów. W przypadku PubMed są to informacje, które pozwalają wykorzystać interaktywne funkcje zaawansowanego wyszukiwania: Preview/Index, Clipboard, History. Ciasteczka pochodzące z PubMed są usuwane z komputera po określonym czasie. Aby umożliwić korzystanie z tych funkcji, komputer musi obsługiwać Cookies, w innym wypadku nie będzie bowiem w stanie wykorzystać wszystkich funkcji PubMed. Zależy to przede wszystkim od przeglądarki internetowej (funkcja ta może być wyłączona lub włączona) lub od administratora sieci, z której aktualnie korzystamy.

Cochrane

Dostęp do Biblioteki Cochrane jest możliwy za pośrednictwem Internetu oraz dzięki płytom CD. Po uiszczeniu opłaty (około 140 funtów rocznie), prenumeratorzy otrzymują co kwartał najnowszą wersję biblioteki na płytach kompaktowych lub pełny dostęp do internetowej wersji bazy.

Po wprowadzeniu określonego hasła w pole Search po prawej stronie okna bazy Cochrane, otrzymujemy listę publikacji zawartych w poszczególnych bibliotekach bazy Cochrane.

Bazy danych Cochrane:

– Baza Danych Przeglądów Systematycznych Cochrane (The Cochrane Database of Systematic Reviews) – zawiera zakończone przeglądy systematyczne. Są one oparte na przeprowadzonych przez grupy Cochrane systematycznych przeglądach pierwotnych doniesień naukowych. Opracowanie metaanalizy umożliwia przedstawienie sumarycznego wyniku wielu badań pierwotnych, w których uczestniczyły zbyt małe grupy pacjentów, by ich wyniki mogły być wiarygodne.
– Protokoly (Protocols) – plan opracowywanych aktualnie przez Cochrane Colaboration Groups przeglądów systematycznych.
– Baza danych abstraktów z przeglądów skuteczności badanych technologii medycznych – The Database of Abstracts of Review of Efffectiviess – to zbiór abstraktów przeglądów systematycznych, opracowanych pod względem wiarygodności przez Cochrane Colaboration.
– Rejestr Kontrolowanych Badań Cochrane (The Cochrane Controlled Trails Register) – przegląd pierwotnych doniesień naukowych, które następnie mogą być wykorzystane jako doskonałe źródło wiarygodnych badań, na przykład przy opracowywaniu przeglądów systematycznych.
– Baza Danych Przeglądów Metodologii Cochrane (The Cochrane Review Methodology Database) – bibliografia publikacji poświęconych metodologii tworzenia przeglądów systematycznych,
– The NHS Economic Evaluation Database – rejestr opublikowanych opracować ekonomicznych wraz z oceną możliwych implikacji implementacji powyższej procedury przedstawioną przez NHS (National Health Service, państwową organizację zajmującą się administrowaniem opieką zdrowotną w Wielkiej Brytanii).
– Health Technology Assessment Database – zawiera informacje na temat raportów HTA – Oceny Technologii Medycznych.
– About Cochrane Colaboration – informacje poświęcone strukturze oraz działalności Cochrane Colaboration.

Wyszukiwanie w Cochrane Library

Aby rozpocząć wyszukiwanie, należy kliknąć na znajdujący się po lewej stronie ekranu przycisk z napisem "Search". Po chwili pojawia się okno składające się z następujących zakładek:

- Simple search – wyszukiwanie proste.
- Advanced search – wyszukiwanie zaawansowane.
- MeSH-Medical Subject Headings – leksykon; słownik wyrazów bliskoznacznych.
- Save and Load – umożliwia zapisanie aktualnie używanej strategii wyszukiwania oraz skorzystanie z wcześniej utworzonych strategii.



Wpisanie gwiazdki (*) na końcu rozpoczętego słowa spowoduje wyszukiwanie wszystkich wyrazów, które mają taki początek, jaki został wpisany (na przykład cardi*: cardiac, cardiovascular, cardiologic itd).

Aby znaleźć żądany wyraz, należy:

nacisnąć klawisz Search na pasku zadań (lewa strona okna startowego),
wybrać zakładkę simple search (lub advanced search), a następnie wpisać tam wyszukiwane słowo lub frazy,
nacisnąć enter lub search.



Program automatycznie przedstawi nam wynik poszukiwania w postaci spisu wszystkich baz danych Cochrane z wyszczególnioną liczbą doniesień na dany temat w każdej z nich.

Z lewej strony każdego "okna" znajduje się informacja oznaczająca liczbę publikacji, którym odpowiadają kryteria wybrane przez nas w trakcie wyszukiwania. Po rozwinięciu listy i dwukrotnym kliknięciu myszką na zaznaczony tytuł – w oknie biblioteki pojawi się pełny tekst publikacji. Jeżeli przy tytule publikacji ukaże się napis "new" – oznacza to, że znalazła się w bazie Cochrane po raz pierwszy, natomiast "up-date" oznacza, że została uaktualniona względem poprzedniego wydania Cochrane Library.

Bazy Cochrane są szczególnie przydatne dla osób poszukujących wiarygodnych, opartych na faktach (Evidence-Based Medicine) źródeł informacji, prezentują bowiem w sposób krytyczny publikacje medyczne oparte na randomizowanych badaniach klinicznych, stanowiąc źródło kompletnej informacji na temat stosowanych technologii medycznych i metod leczenia. Informacje o wynikach badań są opatrzone komentarzami recenzentów pracujących w Cochrane Colaboration Groups.

EMBASE (Excerta Medica)
Stworzona przez Elsevier Science EMBASE (Excerta Medica) jest kolejną znaczącą bazą danych, zawierającą doniesienia medyczne. Chociaż bazy Medline i EMBASE tematycznie w pewnej części się pokrywają, to warto zwrócić uwagę na następujące kwestie.

EMBASE szczególnie szeroko obejmuje piśmiennictwo europejskie (w przeciwieństwie do Medline), pozwala ponadto na przeprowadzenie wstępnej selekcji doniesień pod kątem EBM (Evidence-Based Medicine) i zawiera szczególnie dużo informacji z zakresu farmakologii oraz toksykologii. EMBASE umożliwia więc odnalezienie dużej ilości wiarygodnych informacji odnośnie do farmakoterapii, medycyny, nauk biomedycznych, biotechnologii, zdrowia publicznego, zarządzania usługami medycznymi, farmakoekonomiki oraz toksykologii. Obecnie baza ta zawiera około 8 milionów rekordów z ponad 4 000 czasopism, corocznie dodawanych jest około 500 tysięcy nowych rekordów. Około 80% ostatnio zamieszczanych rekordów zawiera abstrakty.

Wart wzmianki jest również system EMTREE, rodzaj elektronicznego słownika pojęć bliskoznacznych (będącego odpowiednikiem MeSH w Medline), zawierający około 40 tysięcy hierarchicznie ułożonych nazw leków i substancji medycznych oraz 160 tysięcy synonimów pojęć medycznych. Więcej informacji oraz płatny dostęp do zasobów zgromadzonych w tej bazie danych można uzyskać pod adresem strony internetowej: www.embase.com.

NHS EED

W bazie NHS EED (nhscrd.york.ac.uk/nhsdhp.htm) – przede wszystkim można odnaleźć zagadnienia dotyczące ocen ekonomicznych procedur medycznych (HTA).

Zawiera ona następujące typy rekordów:

- Structured abstracts – abstrakty oceniające większość opublikowanych dotychczas doniesień farmakoekonomicznych.
- Cost, review and methodology records – krótkie streszczenia bibliograficzne (rodzaj referencji) ocen farmakoekonomicznych (nie są to ich pełne wersje).
- Department of health cost-effectiveness register records – abstrakty z Register of Cost-Effectiveness Studies, opublikowane przez Department of Health Economics and Operational Research Division (Wielka Brytania). Baza współpracuje z Cochrane Library, która jest obecnie podstawową bazą wiarygodnych danych medycznych przy opracowywaniu raportów HTA w wielu krajach świata.



Od 2000 r. NHS EED jest jedną z baz danych Cochrane Library. Ponieważ funkcjonuje ona dopiero od 1995 r., w przypadku poszukiwania doniesień farmakoekonomicznych z lat wcześniejszych powinniśmy posłużyć się przy wyszukiwaniu bazą Medline.

Wartość bazy NHS EED polega na tym, że zawarte tutaj opracowania farmakoekonomiczne zostały wyselekcjonowane ze światowej literatury fachowej pod kątem prawidłowości metodologicznej; dodatkowo do każdego z nich jest dołączony critical appraisal, oceniający je merytorycznie.

Inne bazy

International Pharmaceutical Abstracts:
(www.silverplatter.com/catalog/ipab.htm ) – farmakologiczna baza danych, obejmująca informacje na temat klinicznych i terapeutycznych aspektów używania leków, technologii ich wytwarzania, etyki farmaceutycznej, problemów prawnych oraz problemów jakości.

OECD Health Data (www.credes.fr/english/ecosante/oecd.htm) – baza statystyczna obejmująca zagadnienia związane z systemami ochrony zdrowia w 29 krajach świata. Zawiera dane liczbowe odnoszące się do: stanu zdrowia ludności, zasobów medycznych i ich wykorzystania, wydatków na opiekę zdrowotną, finansowania kosztów opieki społecznej, produkcji i konsumpcji leków, świadczeń zdrowotnych, danych bibliograficznych i ekonomicznych w ochronie zdrowia.

Przykłady internetowych witryn czasopism medycznych:

- Bandolier – biuletyn informacyjny dotyczący zweryfikowanych przez National Health Service (NHS, Narodowa Służba Zdrowia w Wielkiej Brytanii) zgodnych z EBM doniesień naukowych. Prenumerata wersji drukowanej czasopisma kosztuje 30 funtów, można jednak do tych publikacji dotrzeć także za pośrednictwem bezpłatnych stron internetowych pod adresem: www.jr2.ox.ac.uk:80/bandolier.
- JAMA – pełne numery archiwalne czasopism są publikowane na stronach internetowych: jama.ama-assn.org.
- BMJ – British Medical Journal – http://www.bmj.com/ – publikuje w internecie pełne archiwalne numery czasopisma.
www.freemedicaljournals.com – baza linków do kilkuset czasopism (w kilkudziesięciu językach) oferujących pełne wersje artykułów w internecie.



W celu przeszukania Internetu warto mieć również dostęp do programów nazywanych wyszukiwarkami lub przeglądarkami (browsers). Zostały one zaprojektowane specjalnie do przeszukania zasobów całego Internetu: Worldwide Web (www) w celu wyszukiwania dokumentów zawierających żądane przez nas hasła (wpisane w okno tekstowe wyszukiwarki). Wpisanie haseł lub ciągu słów spowoduje pojawienie się wykazu stron internetowych, które zawierają żądane przez nas słowa lub frazy.

Serwisem, który należy polecić, jest www.searchengines.pl, gdzie można znaleźć opis mechanizmów działania i charakterystykę ponad 200 wyszukiwarek i multiwyszukiwarek polskich, światowych, a także specjalistycznych, np. naukowych, multimedialnych oraz katalogów stron internetowych.

Rozwój Internetu, coraz powszechniejszy dostęp do komputerów oraz sieci informatycznych umożliwia szybki i tani akces do ogromnych zasobów informacji medycznych.

W najbliższych latach należy się spodziewać coraz większego i szerszego zainteresowania bazami danych, gdyż stanowią one atrakcyjny i prosty sposób zdobywania informacji niezbędnych dla lekarza. Ponadto, coraz więcej wydawców zamieszcza archiwalne numery swoich publikacji w wersjach elektronicznych. Nowością jest możliwość zaprenumerowania czasopism w internecie, co w związku z uniknięciem wielu kosztów (papieru, dostarczania) okazuje się znacznie tańsze niż prenumerata tradycyjna.

Internetowe bazy danych zapewniają dostęp do najświeższych danych medycznych oraz internetowych zasobów czasopism. Powszechność internetu oraz nieograniczony dostęp do bezpłatnych serwerów sprawia, że strony internetowe o tematyce medycznej może założyć dziś prawie każdy i niekoniecznie muszą się w nich znaleźć informacje sprawdzone i wiarygodne.

Mam nadzieję, że to opracowanie ułatwi czytelnikom krytyczny przegląd internetowych źródeł informacji medycznych.


lek. med. Paweł Kawalec
e-mail: ppkawa@poczta.onet.pl

Najpopularniejsze artykuły