Idea Pomnika – Szpitala Centrum Zdrowia Dziecka zrodziła się w latach 60. Miał on upamiętniać bohaterską i męczeńską śmierć dzieci, szczególnie tych, które zginęły podczas drugiej wojny światowej.
Pomysłodawczynią Pomnika była pisarka Ewa Szelburg-Zarembina, która 20 czerwca 1965 r. na łamach "Życia Warszawy" opublikowała wezwanie pt. "Bohaterstwu dzieci i młodzieży należy się pamięć": Niechże dzieci, które cierpiały i ginęły dlatego tylko, że były dziećmi tej ziemi, niechże i te dzieci, które cierpiały i ginęły, dlatego że broniły wolności i honoru narodu i państwa, tego co jest najważniejszym skarbem ludzkości: pokoju i sprawiedliwości, niech i one same dla siebie otrzymają od nas, żywych, znak nieśmiertelnej pamięci. Niech świadectwo o ich bohaterstwie i cierpieniu nie będzie tylko cząstką małej, ogólnej narodowej czci. Należy im się wyraz pamięci trwałej, osobny, wyłączny.
Wezwanie pisarki poparte zostało przez Polskie Towarzystwo Pediatryczne, Radę Ochrony Pomników Walki i Męczeństwa, Związek Harcerstwa Polskiego. Po długich dyskusjach postanowiono wybudować placówkę służby zdrowia, która swoim zasięgiem i specjalizacją mogłaby służyć zdrowiu wszystkich dzieci w Polsce.
W lutym 1968 r. podjęto decyzję o budowie Pomnika – Szpitala Centrum Zdrowia Dziecka w Międzylesiu, w bliskim sąsiedztwie Warszawy. Rada Ochrony Pomników Walki i Męczeństwa powołała Społeczny Komitet Budowy Pomnika – Szpitala, który zaapelował do społeczeństwa polskiego i Polonii o pomoc w realizacji projektu. Idea spotkała się z entuzjastycznym przyjęciem na świecie – w wielu krajach powstały fundacje wspierające budowę, a pomoc rzeczową i finansową przekazywano nawet z odległych państw.
Pierwszym dyrektorem CZD została w 1976 r. Pani Profesor Maria Goncerzewicz.
1 czerwca 1977 r., w Dniu Dziecka, zakończył się pierwszy etap budowy. Pierwszego pacjenta CZD przyjęło 15 października 1977 r. W 1979 r. przekazano drugi etap budowy – blok operacyjny, 13-piętrowy blok łóżkowy, część szkoleniową i zaplecze administracyjno-gospodarcze.
19 grudnia 1995 r., rozporządzeniem Rady Ministrów, Centrum Zdrowia Dziecka uzyskało status prawny jednostki badawczo-rozwojowej (instytutu).
Dziś Instytut łączy działalność leczniczą i rehabilitacyjną z wieloprofilową aktywnością naukową i szkoleniową. Rocznie hospitalizuje ok. 20 tysięcy dzieci, udziela porad ponad 140 tysiącom pacjentów.
Ideą powstania Centrum było stworzenie nowoczesnego szpitala, w którym zapewnia się dziecku kompleksową opiekę, nie tylko medyczną. Ta idea nadal wyznacza kierunek rozwoju CZD – Instytut określa standardy wysokospecjalistycznej pediatrii, wprowadza nowatorskie formy terapii, leczy na światowym poziomie.
- Zapisany w światowym oraz polskim piśmiennictwie medycznym dorobek 25 lat pracy klinicznej i naukowej Instytutu "Pomnik – Centrum Zdrowia Dziecka" ma dużą wartość. – mówi doc. dr hab. Ryszard Grenda, przewodniczący Rady Naukowej Instytutu IP-CZD. – Naukowe plany na przyszłość to przede wszystkim realizacja zadań wieloetapowego planu działalności naukowo-klinicznej, obejmującego zagadnienia diagnostyki i leczenia szeregu wad wrodzonych i nabytych oraz schorzeń narządowych u dzieci – w tym zapobieganie ich rozwojowi i odległym skutkom. Planu tworzonego w celu poprawy stanu zdrowia i standardu opieki medycznej w populacji dzieci w Polsce. Plan taki powstaje obecnie w Instytucie. CZD będzie współpracowało przy jego tworzeniu i realizacji z innymi, badawczo-rozwojowymi ośrodkami pediatrycznymi w kraju.
Instytut realizuje także szereg przyznanych przez Komitet Badań Naukowych grantów badawczych oraz międzynarodowych grantów uzyskanych w ramach V Ramowego Programu Współpracy Wspólnoty Europejskiej i innych badań wieloośrodkowych, prowadzonych we współpracy z akademickimi ośrodkami w Europie i na świecie.
Udziałowi w takich badaniach sprzyja ogromne doświadczenie kliniczne i naukowe pracowników Instytutu. Do Centrum Zdrowia Dziecka trafia z całego kraju duża liczba najtrudniejszych i najbardziej złożonych przypadków, w tym również wyjątkowo rzadko występujących schorzeń, stanowiących według kryteriów naukowych – unikatowy materiał badawczy.