Aula Uniwersytetu im. Mikołaja Kopernika w Toruniu na 2 wrześniowe dni stała się areną fundamentalnego starcia światopoglądowego polskich lekarzy. W tym konflikcie racji – prymatu praw boskich lub cesarskich na gruncie praktyki wykonywania zawodu lekarza AD 2003 – niemałą rolę odegrały autorytety. Głos papieża Jana Pawła II wywarł wpływ decydujący.
Chwilami dramatyczne i do końca pasjonujące zmagania na argumenty filozoficzno-etyczno-prawno-medyczne zakończył rozsądny, demokratyczny kompromis: zwolennicy prymatu praw boskich ustąpili z większości najbardziej ortodoksyjnych i kontrowersyjnych zapisów, "procesarscy" – nie zbojkotowali obrad, dzięki czemu nowelizacja KEL stała się faktem.
Żadna ze stron nie poniosła miażdżącej klęski ani nie odniosła miażdżącego sukcesu. Regulacje dotykające odwiecznego konfliktu racji – w trybie demokratycznych głosowań – poprawkami doprowadzono do brzmienia, które mogła zaakceptować większość. Ale czy ten formalny konsens wystarczy, aby zatrzeć różnice, a zwłaszcza – pojednać środowisko? I czy KEL rzeczywiście pomoże odnowić oblicze stanu lekarskiego, jak zapewne chciałby papież? Ale czy możliwe jest jeszcze w ogóle wskrzeszenie etosu lekarza i jego służby najwyższym wartościom?
Lekarz powinien zawsze wypełniać swoje obowiązki z poszanowaniem człowieka – bez względu na wiek, płeć, rasę, wyposażenie genetyczne, narodowość, wyznanie, przynależność społeczną, sytuację materialną, poglądy polityczne oraz inne uwarunkowania – głosi artykuł 3 znowelizowanego KEL.
Lekarzowi nie wolno posługiwać się metodami uznanymi przez naukę za szkodliwe, bezwartościowe lub niezweryfikowanymi naukowo. Nie wolno mu także współdziałać z osobami zajmującymi się leczeniem, a nie posiadającymi do tego uprawnień.
Wybierając formę diagnostyki lub terapii, lekarz ma obowiązek kierować się przede wszystkim kryterium skuteczności i bezpieczeństwa chorego i nie narażać go na nieuzasadnione koszty. Wyboru i rekomendacji ośrodka leczniczego oraz metody diagnostyki i terapii lekarz nie powinien dokonywać ze względu na własne korzyści.
Lekarzowi nie wolno także stosować metod nieuczciwej konkurencji, szczególnie – nierzetelne informować o swoich możliwościach działania, jak i kosztach leczenia.
Lekarz nie może również prowadzić eksperymentów badawczych z udziałem osób ubezwłasnowolnionych, żołnierzy służby zasadniczej oraz osób pozbawionych wolności, z wyjątkiem badań prowadzonych dla dobra tych grup.
Nie przeszła w trakcie zjazdowej debaty większość proponowanych wcześniej zapisów, wzbudzających największe kontrowersje, zwłaszcza ograniczających dostęp do badań prenatalnych oraz medycznie wspomaganej prokreacji. Informacje na ich temat, a także na temat metod antykoncepcyjnych – lekarz będzie mógł przekazywać nie tylko "zainteresowanym osobom".
Nowy kodeks zakazał lekarzowi uczestnictwa w procedurach klonowania ludzi dla celów terapeutycznych lub reprodukcyjnych.
Nie zostały przyjęte proponowane przez część lekarzy zapisy promujące źle pojętą solidarność zawodową. Kodeks nakazał lekarzom okazywanie sobie wzajemnego szacunku, zalecając "szczególną ostrożność" w formułowaniu opinii na temat działalności innego lekarza. W przypadku dostrzeżenia błędu, lekarz ma poinformować o nim przede wszystkim jego sprawcę, a jeśli interwencja okaże się nieskuteczna lub błąd powoduje poważną szkodę, lekarz ma obowiązek powiadomić o nim izbę lekarską. KEL nakazuje zarazem podjęcie działań dla odwrócenia skutków tego błędu.
W nowym kodeksie znalazł się rozdział dotyczący relacji lekarza z przemysłem. Zezwala się lekarzowi na gratyfikacje od przemysłu medycznego – w postaci wynagrodzenia współmiernego do faktycznego wkładu pracy. Zakazuje natomiast – przyjmowania korzyści od przedstawicieli przemysłu medycznego, jeśli może to ograniczyć obiektywizm opinii lekarza lub podważyć zaufanie do zawodu. Lekarze mogą przyjmować zapłatę od producentów leków lub sprzętu medycznego za swoją pracę, prowadzenie badań lub szkoleń. Zarazem – mają obowiązek ujawnienia słuchaczom wykładów oraz redaktorom publikacji swoich związków z przemysłem farmaceutycznym, jeśli te "mogą być przyczyną konfliktu interesów".
Za skierowanie pacjenta na badania sponsorowane przez przemysł farmaceutyczny lekarz nie ma prawa pobierać wynagrodzenia.
Nie wolno mu też brać udziału w badaniach, których celem jest promocja produktów przemysłu.