Homeopatia była stosowana od około 1796 roku. Z czasem, w związku z rosnącą popularnością tej metody, wprowadzano przepisy regulujące jej stosowanie.
W połowie lat 80. XX wieku Wspólnota Europejska rozpoczęła pracę nad normami dotyczącymi homeopatii. Celem było ujednolicenie przepisów dotyczących stosowania tej metody w państwach członkowskich.
Biorąc pod uwagę chęć doprowadzenia do swobodnego obrotu lekami homeopatycznymi, w 1992 roku została wydana Dyrektywa Rady Europy nr 92/73/EEC. Jej efektem było skonstruowanie ogólnej definicji leku homeopatycznego. Zgodnie z jej brzmieniem jest nim każdy środek leczniczy wytworzony z surowców homeopatycznych zgodnie z metodą opisaną w Farmakopei europejskiej lub w oficjalnie uznanych farmakopeach krajów członkowskich. Wprowadzono także możliwość stosowania uproszczonej procedury rejestracyjnej leków homeopatycznych oraz określono podstawowe zasady ich znakowania.
Polskie prawo nie reguluje homeopatii jako metody leczenia. Uregulowany został jedynie status prawny leku homeopatycznego – określa go ustawa z dnia 6 września 2001 roku Prawo farmaceutyczne. Przystąpienie Polski do Unii Europejskiej zobowiązywało do nowelizacji tego aktu w 2004 r., i dostosowanie przepisów krajowych do przepisów wspólnotowych.
Definicja leku homeopatycznego określona została w art. 2 pkt. 29 ustawy Prawo farmaceutyczne, który stanowi, iż produktem leczniczym homeopatycznym – jest produkt leczniczy wytworzony z homeopatycznych substancji pierwotnych lub ich mieszanin, zgodnie z homeopatyczną procedurą wytwarzania opisaną w Farmakopei Europejskiej lub, w przypadku braku takiego opisu, w farmakopeach oficjalnie uznanych przez państwa członkowskie Unii Europejskiej lub państwa członkowskie Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA) – strony umowy o Europejskim Obszarze Gospodarczym.
Reasumując, ustawa Prawo farmaceutyczne sklasyfikowała leki homeopatyczne jako produkty lecznicze, tj. substancja lub mieszanina substancji, przedstawiana jako posiadająca właściwości zapobiegania lub leczenia chorób występujących u ludzi lub zwierząt lub podawana w celu postawienia diagnozy lub w celu przywrócenia, poprawienia lub modyfikacji fizjologicznych funkcji organizmu poprzez działanie farmakologiczne, immunologiczne lub metaboliczne (art. 2 pkt. 32 ustawy). Ponadto, odróżniając je od innych produktów leczniczych dopuszczonych do obrotu, takich jak m. in. immunologiczne czy radiofarmaceutyczne.
Zgodnie z art. 57 Kodeksu Etyki Lekarskiej, lekarz nie może posługiwać się metodami uznanymi przez naukę za szkodliwe, bezwartościowe lub niezweryfikowane naukowo. Nie może także współdziałać z osobami zajmującymi się leczeniem, a nie mającymi do tego uprawnień. Wynika z tego, że lekarz i lekarz dentysta chcąc wykonywać zawód w zgodzie z zasadami, nie powinien stosować u pacjentów homeopatii, bowiem nie jest ona metodą potwierdzoną naukowo. Mimo to, część lekarzy chętnie stosowało tę metodę i uczestniczyło we wszelkiego rodzaju szkoleniach, seminariach, sympozjach z zakresu homeopatii. W związku z tym, 4 kwietnia 2008 roku Naczelna Rada Lekarska (NRL) wystosowała swoje stanowisko w sprawie stosowania przez lekarzy i lekarzy dentystów homeopatii i pokrewnych metod oraz organizowania szkoleń w tych dziedzinach. NRL negatywnie oceniła inicjatywę członków samorządu stosujących homeopatię. Wyraziła też dezaprobatę dla instytucji i organizacji, które zamiast organizowania szkoleń w tym zakresie, powinny raczej strzec prawidłowego wykonywania zawodu lekarza. Ponadto NRL przypomniała swoim kolegom, iż mają obowiązek kierowania się w wypełnianiu swoich obowiązków wskazaniami aktualnej wiedzy medycznej.
Stanowisko Naczelnej Rady Lekarskiej z dnia 4 kwietnia 2008 roku zostało uznane przez prezesa Urzędu Ochrony Konkurencji i Konsumentów (UOKIK) za porozumienie ograniczające konkurencję na krajowych rynkach i w związku z tym postanowił on nałożyć na Naczelną Izbę Lekarską (NIL) karę pieniężną w wysokości 50 tys. zł. Samorząd lekarski, nie zgadzając się ze stanowiskiem prezesa UOKIK, zaskarżył decyzję do sądu, bowiem stwierdził, że NRL działała w interesie publicznym, a poza tym ma prawo wypowiadać się w zakresie prawidłowego wykonywania zawodu (jednym z organów NIL jest Naczelny Rzecznik Odpowiedzialności Zawodowej, który ma za zadanie sprawować pieczę nad prawidłowym wykonywaniem zawodu, a w przeciwnym razie wszczynać postępowanie w zakresie odpowiedzialności zawodowej).
30 grudnia 2014 roku Sąd Okręgowy w Warszawie uchylił decyzję prezesa UOKIK, w większości uznając argumenty NIL oraz wskazał, iż samorząd lekarski działał w interesie publicznym, który definiowany jest prawem pacjenta do bycia leczonym zgodnie z aktualną wiedzą medyczną oraz obowiązkiem lekarza do udzielania świadczeń tym wymogom odpowiadającym. Ponadto sąd przyznał, że brak jest dowodów potwierdzających skuteczność homeopatii oraz stwierdził, że niekorzystne byłoby ograniczanie możliwości wyrażania przez samorząd lekarski poglądu związanego z leczeniem.
Prezes UOKIK złożył apelację, jednak Sąd Apelacyjny w Warszawie w dniu 1 kwietnia 2016 roku – oddalił ją. Sąd Apelacyjny uznał twierdzenia sądu I instancji w zakresie braku dowodów potwierdzających skuteczność homeopatii, co zgodnie z ustawą z dnia 2 grudnia 2009 roku o izbach lekarskich oznacza, że lekarze stosujący u swoich pacjentów tę metodę leczenia mogą być pociągnięci do odpowiedzialności zawodowej. Nie jest to bowiem metoda leczenia potwierdzona wiarygodnymi badaniami naukowymi, przez co nie jest zgodna z aktualną wiedzą medyczną, a lekarz zgodnie z przepisami ma obowiązek wykonywania zawodu zgodnie ze wskazaniami aktualnej wiedzy medycznej.